Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde tedavi gördüğü sırada hayatını kaybeden Ekemen için Mevlana Camisi'nde öğle vakti cenaze töreni düzenlendi.
Cenaze törenine, Ekemen’in eşi Emine, oğlu Murat Ekemen ve kızı Ayşegül Ekemen Altay taziyeleri kabul etti.
Törene, Edirne Garnizon Komutanı Tuğgeneral Yüksel Kolcu, Edirne Vali Yardımcısı Ercan Çiçek, Edirne Emniyet Müdürü Onur Karaburun, AK Parti İl Başkanı Belgin İba, Türkiye Muharip Gaziler Derneği Edirne Şube Başkanı Ahmet İsmailoğlu, askerler, gaziler ve vatandaşlar katıldı.
Kılınan cenaze namazının ardından Mustafa Ekemen’in cenazesi, Yenişehir Mezarlığı’na defnedildi.
Mustafa Ekemen, Kıbrıs Barış Harekatı'na katılarak ülkesine büyük hizmetlerde bulunan bir gaziydi.
Kendisi, Edirne’de ve çevresindeki gaziler için önemli bir figür olarak anılacaktır.